O nascimento da escola começou a delinear-se a 24 de Janeiro de 1957, quando uma comissão de sanjoanenses se deslocou a Lisboa para solicitar ao Ministro Leite Pinto a criação de uma Escola Técnica Industrial.
Apesar da criação da Escola já estar prevista no Decreto-Lei nº 36409, de 11 de Janeiro de 1947, só então S. João da Madeira apresentava as condições essenciais para que tal se tornasse uma realidade, uma vez que a sua população se situava perto dos 11 mil habitantes, graças a uma industria próspera ( chapelaria, calçado e metalurgia ) e a um comércio em expansão.

Nos primeiros meses de 1958 foi publicado o diploma que criou a Escola Industrial de S. João da Madeira, ficando dotada somente com o Ciclo Preparatório, uma vez que as suas instalações, naquela altura, não asseguravam o funcionamento de todas as actividades. Estabelecidos os moldes para o funcionamento da Escola, a partir de Outubro de 1958, foram abertas as matrículas para o exame de admissão para o ingresso no Ciclo Preparatório. No ano lectivo de 1960/61 entrou em funcionamento o pavilhão anexo ao antigo edifício da Escola Técnica.

No ano de 1971 iniciou-se a transferência para o actual edifício, sendo primeiramente transferida a secção de Mecânica e, posteriormente, os outros sectores. Em 1977/78 a Escola Industrial transforma-se em Escola Secundária nº1 e, a partir de 2 de Abril de 1987, passou a designar-se Escola Secundária Dr. Serafim Leite. No ano lectivo 1983/84 inicia-se a expansão pedagógica que permitiu o funcionamento, em 84/85, do primeiro Curso Técnico de Instalações Eléctricas, seguindo-se cursos de Informática, Assistente de Gestão, Electrónica e Contabilidade.

Em 2014 a Escola Secundária junta-se às Escolas Básicas do Parque e de Fundo de Vila, constituíndo o Agrupamento de Escolas Dr. Serafim Leite, mantendo uma oferta formativa diversificada desde a Educação Pré-Escolar até aos cursos para adultos.